L'origine di Rodi Garganico va collegata al movimento espansionistico dei Rodii argivi che, attratti dal clima e dalle immense pinete, nell'VIII secolo a. C. ne colonizzarono le coste.
Secondo Cellarius e Mommsen, invece, Rodi Garganico potrebbe essere stata riedificata sulle rovine della mitica Uria distrutta dopo le guerre puniche.
Plinio, infine, fa menzione di un portus Garnae che gli storici identificano con il porto di Rodi Garganico, i cui ruderi erano visibili fino agli inizi del Secolo.
Nella località sotto il castello si notano ancor'oggi le mura difensive del porto di Rodi Garganico e, interrata nella rupe, una botola tramite la quale si accedeva ad un locale sul cui architrave si leggeva la scritta Tabularium.
Il tabulario, presso i Romani, era la persona addetta alla vigilanza dei misuratori di cereali e frumento per impedire frodi che spesso si commettevano. Quindi quella stanzetta doveva essere il luogo dove il tabularius registrava, portava la contabilità e teneva conservati i pesi e le misure. Certamente, essendo l'attività marinara di Rodi Garganico l'unica via di comunicazione del Gargano, quella botola doveva servire ad imbarcare sui bastimenti i prodotti agricoli di tutta la Capitanata. Un'epigrafe, un tempo murata all'esterno del Santuario dedicato alla Madonna della Libera, fa supporre che Rodi Garganico in epoca romana fosse un municipio amministrato dal Comite Gneo Suilio Mascillioni, magistrato ed esattore di tributi. Caduta Roma si susseguirono tempi difficili: Rodi Garganico fu distrutta dai Goti nel 485 d. C., ricostruita nel 553 dopo la guerra greco-gotica e attaccata dai Saraceni nel 950. Nel 1240, alleata di Federico II, fu saccheggiata dai Veneziani e nel 1446 fu feudo di Alfonso d’Aragona e tale rimase fino al XIX secolo.